Należy do najwybitniejszych postaci polskich benedyktynek. Wbrew woli ojca postanowiła poświęcić się życiu zakonnemu i w 1578 roku wstąpiła do klasztoru chełmińskich benedyktynek, a w 1579 roku po złożeniu ślubów została wybrana ksienią. Była silną osobowością, ale dobrą organizatorką i administratorką. Wprowadziła wówczas nową regułę, zmieniając średniowieczną regułę zakonu benedyktyńskiego, z kontemplacyjnej na nauczającą, zatwierdzona w Rzymie w 1605 r. Od tego czasu wszystkie klasztory benedyktynek w Polsce stanowić miały kongregację pod przewodnictwem ksieni chełmińskiej. Jej zasługą jest odnowienie nie tylko zakonów w Chełmnie i Toruniu, ale również na terenie całej Polski m.in. w Żarnowcu, Jarosławiu, Sandomierzu, Sierpcu i Poznaniu. Natomiast w Poznaniu dodatkowo powołano Seminarium Duchowne, które kształciło przyszłych kapelanów klasztornych. Przy wszystkich klasztorach benedyktyńskich funkcjonowały szkoły, których głównym celem było wychowanie i kształcenie dziewcząt bogatego mieszczaństwa i średniej szlachty. Jednak ważnym elementem wprowadzonym przez Mortęską była również edukacja samych sióstr zakonnych, polegająca przede wszystkim na nauce czytania i pisania po polsku oraz łacinie.
Magdalena Mortęska zmarła 15 lutego 1631 roku i pochowana została w kościele klasztornym w Chełmnie pod głównym ołtarzem.