Chełmno już od XIII wieku kultywuje tradycje naukowe. To tu działały: szkoła miejska oraz szkoły przyklasztorne: dominikanów, franciszkanów oraz cysterek, później zaś benedyktynek. Na kontynuację nauki chełmińska młodzież wyjeżdżała do Paryża, Bolonii, Pragi lub Erfurtu. Chełmno dwukrotnie, po raz pierwszy z nadania Papieża Urbana VI w 1386 roku i po raz drugi w 1434 roku z rąk Zygmunta Luksemburskiego, uzyskało przywilej ustanowienia Uniwersytetu, co umożliwiłoby powstanie drugiego takiego ośrodka w Polsce, po Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Niestety do realizacji tych ambitnych planów nie doszło. W 1473 roku powstało jednak Studium Particulare czyli gimnazjum, którego prowadzenie przekazano Braciom Wspólnego Życia z  Zwolle w Holandii. W niedługim czasie stało się ono najlepszym zakładem naukowym w Prusach Królewskich. Historycy twierdzą, że prawdopodobnie Mikołaj Kopernik był jednym z uczniów tej sławnej ówcześnie szkoły przed studiami na Uniwersytecie Krakowskim. Gimnazjum działało do 1530 roku, w 1554 roku zostało reaktywowane, a 1692 odnowiona szkoła stała się Akademią Chełmińską. W latach 1756 – 1779 Akademia uzyskała rangę 31 kolonii Uniwersytetu Jagiellońskiego. W wyniku I rozbioru Polski istnienie szkoły zostało zagrożone. Do jej ostatecznego zamknięcia doszło w 1818 roku. W 1837 – powstało następne Gimnazjum, dzisiejszy Zespół Szkół nr 1. Obecnie najmłodsi mieszkańcy miasta swoją pierwszą naukę mogą rozpocząć w jednym z pięciu przedszkoli. Cztery szkoły podstawowe i cztery gimnazja zapewniają naukę starszym dzieciom i młodzieży. Gimnazjum nr 1 mieści się w zabytkowym budynku Akademii Chełmińskiej. W 1999 roku dobudowano do niego salę gimnastyczną, pełniącą równocześnie rolę miejskiej sali sportowej. Gimnazjum nr 2 wraz z kompleksem sportowym zajmuje budynek przy ul. Kościuszki 11, który od momentu powstania (1907r.) zawsze służył celom oświatowym. Specjalny Ośrodek Szkolno – Wychowawczy składający się ze szkoły podstawowej, gimnazjum oraz internatu obejmuje nauczaniem i rewalidacją dzieci z miasta, przyległych gmin oraz kierowanych tu sądownie. S.O.Sz.W. obejmuje również rewalidacją dzieci z upośledzeniem głębokim i znacznym przebywające w Domu Pomocy Społecznej w Chełmnie. Zapewnia zakwaterowanie i opiekę całodobową dla uczniów dojeżdżających. Przy ośrodku działa punkt konsultacyjny dla rodziców dzieci ze specjalnymi potrzebami. Tradycja prowadzenia szkół przez osoby duchowne podtrzymywana jest przez księży Pallotynów. Prowadzą oni Katolickie Gimnazjum Księży Pallotynów “Gymnasium Culmense” oraz Katolickie Liceum Ogólnokształcące Księży Pallotynów “Colegium Culmense”. Młodzież w Chełmnie ma do wyboru szkoły ponadgimnazjalne kształcące w różnych zawodach, przygotowujące do nauki w szkołach wyższych. W skład zespołu Zespół Szkół nr 1 wchodzi Gimnazjum nr 4 z klasami sportowymi oraz I Liceum Ogólnokształcące im. Mikołaja Kopernika. Zespół Szkół nr 2 im. Adama Mickiewicza tworzą: Technikum Mechaniczne, Technikum Handlowe, Technikum Ekonomiczne, Liceum Ogólnokształcące oraz Zasadnicza Szkoła Zawodowa dla Młodocianych Pracowników. Przy szkole prowadzone jest również w okresie ferii letnich i zimowych Sezonowe Szkolne Schronisko Młodzieżowe. W niedaleko położonym Grubnie funkcjonuje Zespół Szkół – Centrum Kształcenia Praktycznego im. Ignacego Łyskowskiego z Liceum Ogólnokształcącym, Technikami: Rolniczym, Agrobiznesu, Ekonomicznym, Żywienia i Gospodarstwa Domowego, Zawodowym i Hotelarstwa, Uzupełniającym na podbudowie zasadniczej szkoły rolniczej oraz Uzupełniającym Liceum Ogólnokształcącym i Zasadniczą Szkołą Wielozawodową. Zespół Szkół prowadzi również kształcenie zaoczne i policealne. Państwowa Szkoła Muzyczna I st. w Chełmnie kształci dzieci i młodzież w cyklu 6- i 4- letnim przygotowując je do kontynuacji nauki w szkołach muzycznych II – st. Uczniowie mogą rozwijać swój talent na instrumentach klawiszowych, strunowych oraz dętych. Na tych samych instrumentach istnieje możliwość nauki gry w działającym przy szkole Społecznym Ognisku Artystycznym. Dorośli mogą uzupełnić swoją wiedzę w Centrum Edukacji Dorosłych mieszczącym się przy ul. Dominikańskiej.